Het verwijderen van vogelkers kent twee fasen. De eerste fase is de bestrijdingsfase waarin zaadbomen en zaailingen verwijderd worden; de tweede fase is de nazorgfase, waarin vestiging van nieuwe individuen voorkomen wordt. Bij het verwijderen van zaadbomen is een combinatie van chemische en mechanische bestrijding het meest succesvol gebleken. Alle stobben worden afgezaagd en ingesmeerd met glyfosaat. Het jaar daarna worden de vergeten en nieuw uitgelopen vogelkersen aangepakt en zaailingen uitgetrokken. Vanwege het negatieve effect op het bosecosysteem wordt chemische bestrijding met glyfosaat echter afgeraden en gaat de voorkeur uit naar puur mechanische bestrijding. De nazorg bestaat uit een controleronde, waarbij iedere nieuw gevonden zaailing verwijderd wordt. Deze moet minimaal eens in de vijf jaar plaatsvinden. Effectief verwijderen van vogelkers duurt zo’n 20-30 jaar en de kosten hiervan zijn tussen de 200 en 2200 euro per hectare.