Een eenduidige uitspraak over de invloed van vogelkers op de biodiversiteit in het bos is niet mogelijk; dit komt vooral omdat beheerders uiteenlopende biodiversiteitsdoelen hanteren.

De vogelkers is een exoot, een uitheemse boomsoort, want door de mens geïntroduceerd buiten haar natuurlijke verspreidingsgebied. De soort is volledig ingeburgerd en plant zich succesvol voort. De vraag of een exoot een negatief of positief effect heeft op de biodiversiteit is niet eenduidig te beantwoorden. Het is waarschijnlijk dat sommige uitheemse boomsoorten meer levenskansen aan organismen bieden dan sommige inheemse soorten. Er heeft geen nog systematisch onderzoek plaatsgevonden naar de diversiteit aan soorten geassocieerd met vogelkers in Europa, maar zeker is dat de vogelkers fungeert als waardplant voor vele organismen. De invloed van vogelkers op de kruidlaag lijkt te verschillen tussen lichte bossen met zure arme bodems en bossen met minder zure en rijkere bodems. Elk bostype heeft zijn eigen typische soorten. De gemiddelde soortenrijkdom in de kruidlaag met en zonder vogelkers is over het algemeen gelijkwaardig, echter de rijkdom aan soorten lijkt af te nemen met een toenemende bedekking door vogelkers. De reden hiervoor is waarschijnlijk de toenemende schaduwdruk. Kijkend naar de successie en de biodiversiteit: bij een struiklaag van vogelkers blijken lichtminnende plantensoorten van zure, arme grond minder voor te komen. De aanwezigheid van vogelkers bevordert plantensoorten gebonden aan een vochtig schaduwrijk bosklimaat en soorten die nutriëntrijke omstandigheden prefereren. Daarnaast versnelt een groot aandeel vogelkers in boom- en struiklaag de bossuccessie door haar invloed op de bodemontwikkeling en door schaduwdruk.