Vogelkers heeft zowel positieve als negatieve effecten op de biodiversiteit in
het bosecosysteem. Bij het kiezen van een beheerstrategie wordt afgewogen of de beheerdoelen met betrekking tot biodiversiteit realiseerbaar zijn in aanwezigheid van vogelkers. Nastreven van het behoud van soorten gebonden aan een open bos én het in stand houden van pionierbos vallen hierbij af. Alle overige natuurbostypen kunnen gerealiseerd worden in aanwezigheid van vogelkers. De vogelkers versnelt de bossuccessie en bij aanwezigheid van zaadbomen van opvolgersoorten vermindert haar aandeel in de boom- en struiklaag op termijn. Wanneer deze zaadbomen ontbreken, kunnen zij ingebracht worden (zie ‘inbrengen van ontbrekende boom- en struiksoorten‘). Door te selecteren in de verjonging kan zowel het aandeel opvolgersoorten als pionierboomsoorten verhoogd worden (zie ‘sturen in soortensamenstelling en kwaliteit‘).